25 мая 2015 года по результатам «плановых документарных проверок» главного управления Министерства юстиции РФ по Москве фонд «Династия» был признан иностранным агентом и добавлен в соответствующий реестр. Управление решило, что фонд имел зарубежное финансирование и занимался политической деятельностью, так как организация последние 10 лет оказывала поддержку Научному фонду теоретических и прикладных исследований «Либеральная миссия», возглавляемого руководителем Высшей школы экономики Евгением Ясиным
В свою очередь, основатель фонда Дмитрий Зимин высказал своё несогласие с решением властей и объявил о намерении прекратить финансирование фонда из личных средств, хранящихся за рубежом. Дальнейшую судьбу организации будет решать её совет на заседании 8 июня. При этом оспаривать решение властей через суд Дмитрий Зимин отказался.
28 мая Минюст РФ потребовал привлечь фонд «Династия» к административной ответственности за невыполнение законодательства об агентах. Организации инкриминируется ч. 1 ст. 19.34 (нарушение порядка деятельности НКО, выполняющего функцию иностранного агента), фонд может быть оштрафован на сумму от 300 до 500 тысяч рублей.
Совет по науке при Министерстве образования и науки ещё в середине мая высказывался против возможного внесения фонда в реестр иностранных агентов[18]. В поддержку «Династии» выступили глава «Комитета гражданских инициатив» и экс-министр финансов РФ Алексей Кудрин и уполномоченный по правам человека в РФ Элла Памфилова[15], по словам которой абсурдно то, что гражданин России вкладывает огромные собственные средства внутри страны на благотворительность, и этот фонд признают «иностранным агентом»[14]. На сайте Общества научных работников было опубликовано открытое письмо, где некоторые российские учёные выступили с просьбой не причислять фонд к списку иностранных агентов[19], под открытым письмом к министру юстиции Александру Коновалову с просьбой не включать «Династию» в реестр подписались 10 академиков и 18 членов-корреспондентов РАН[14]. Совет по правам человека при президенте РФ принес извинения Дмитрию Зимину и Евгению Ясину за включение их фондов «Династия» и «Либеральная миссия» в реестр НКО-иностранных агентов и призвал Коновалова отменить принятое решение, в противном случае члены Совета не исключили суда, сам закон по их мнению должен быть отменён или признан утратившим силу[20].
6 июня в Москве в поддержку фонда «Династия» на Суворовской площади в Москве по данным на 15:30 вышло 3 400 человек. Наряду с представителями научного сообщества и студентами на митинге были политики Алексей Навальный и Андрей Нечаев.
8 июня Совет Фонда пришел к заключению, что для принятия окончательного решения о судьбе «Династии» ему необходима дополнительная информация юридического и финансового характера. После получения этой информации Совет Фонда соберется вновь. А это время будет продолжать работу.
17 июня 2015 года мировой суд Тверского района Москвы оштрафовал фонд на 300 000 рублей за отказ регистрироваться в качестве «иностранного агента».